最新バージョンにアップデートしたら、ページリストの反転ができるようになりました。
どうやら、右利きのユーザーが手書きのときにページリストに触れてしまって誤操作しないように、最近ページリストを左に配置したみたいですけど、ペンとか使わないですし、対応のペン持ってないです。
そんなわけで、私は従来通りの右側に戻してみることにしました。
アカウントの歯車のアイコンをタップして、設定画面でインターフェイスを選択
ページリストの位置を反転する をオンに
すると、元通りのインターフェイスになりました。
前のOneNote for iPad削除しても良さそうです。